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1、普通蒸餾是在沸點溫度下進行分離操作，而分子蒸餾設備只要冷熱兩個面之間達到足夠的溫度差.就可以在任何溫度下進行分離.因而分子蒸餾操作溫度遠低于物料的沸點。
2、普通蒸餾有鼓泡、沸騰現象，而分子蒸餾是液膜表面的自由蒸發，操作壓力低.一般為0.1 - 1 Pa數量級,受熱時間短，一般僅為十秒至幾十秒.。
3、普通蒸餾的蒸發和冷凝是可逆過程，液相和氣相之間處于動態相平衡，而在分子蒸餾過程中，從加熱面逸出的分子直接飛射到冷凝面上，理論上沒有返回到加熱面的可能性，所以分子蒸餾沒有不易分離的物質。